陳繁昌教授於2009年9月1日出任香港科技大學第三任校長。在陳校長的領導下，科大的全球知名度顯著上升，成就深受認同並得到國際媒體的廣泛報導。同時，科大與世界多間知名學術機構建立戰略合作夥伴關係，校長並獲邀出席大型國際活動，如每年在達沃斯舉辦的世界經濟論壇。 科大的全球排名在陳校長的領導下亦不斷進步 – 科大目前位列世界排名第30位及亞洲排名第4位 (QS)、全球年輕大學第2位（QS＆THE）和全球大學就業能力排名第13位。 在陳校長任內，大學本科課程從三年制順利過渡到四年制，當中重要的改變包括開展大學核心課程和學院制收生。於大學教育資助委員會「2014年研究評審工作」報告中，科大有70% 的研究項目達「世界領先」水平或「國際卓越」水平，是香港八所教資會資助院校之冠。陳校長還倡導在教學上使用新的技術，使科大成為亞洲第一所大學在全球兩大網上學習平台Coursera和edX提供「大規模開放在線課程MOOCs」。陳校長策劃並籌募經費，令幾個重大基礎設施項目相繼建成或落實籌建，為實現大學學術研究和任務提供重要設施 – 項目包括三座主要學術樓、一座會議大樓、研究生宿舍樓和設有1000個座位的多用途禮堂。「科大冠名教授席計劃」的教席亦從2012年設立時的8席增加至現時的36席。陳校長領導科大製定了兩個5年策略發展計劃，以及大學的第一套核心價值觀。 他亦領導大學高等研究院的進一步發展，包括招聘2任院長和幾位著名的研究院教授，並促成Gordon Research Conferences和環太平洋大學協會 (APRU) 的國際秘書處選址科大高等研究院。 自2014年以來，陳校長一直在一家周刊撰寫高等教育和創新科技專欄。

在加入香港科技大學之前，陳校長於2006年至2009年期間，為美國國家科學基金委員會助理會長，掌管數學及自然科學部。這是基金屬下八個學術部門中最大的部門。陳校長負責統籌及管理部門的科研經費，範圍涵蓋天文、物理、化學、數學、材料科學以及跨學科活動。他在美國加州理工大學取得理學士和理學碩士（均為工程學）學位，並於史丹福大學取得哲學博士（計算機科學）學位。之後，他在加州理工大學擔任應用數學研究員，並在耶魯大學教授計算機科學。他於1986年加入加州大學洛杉磯分校為數學系教授，1997年晉升為數學系主任，並於2001年至2006年期間出任該校的自然科學學院院長。陳校長曾以首席研究員身分，向美國國家科學基金成功建議在加州大學洛杉磯分校成立國家純數及應用數學研究所，旨在將數學科學與一般科學和工程學科結合研究。2000年至2001年間，他出任該研究所主任。

陳校長是美國國家工程院院士、美國電機及電子工程師學會院士、美國工業及應用數學學會院士、美國科學促進會院士和美國數學學會會員。陳校長也是多個學術期刊的編輯委員會成員；這些期刊包括《工業及應用數學學會評論》、《工業及應用數學學會科學運算學學報》及《亞洲數學學報》。此外，他也是德國《Numerische Mathematik學報》的三位總編輯之一。他參與撰寫建議書，成功倡議成立《工業及應用數學學會造像科學學報》，並成為創刊編輯委員會成員至2012年。

陳校長是沙特阿拉伯阿卜杜拉國王科技大學（KAUST）董事會成員、韓國科學技術院（KAIST）校長諮詢委員會委員、奥地利維也納大學科學顧問委員會委員、上海交通大學世界大學學術排名 (ARWU) 國際顧問委員會委員、深圳南方科技大學 (SUSTech) 國際顧問委員會成員、俄羅斯Skolkovo Institute of Science and Technology (Skoltech) 董事會成員, 日本RIKEN Advisory Council (RAC) 顧問委員會委員和美國百人會會員。陳校長也是港科院創院院士及董事會成員、香港科學會主席、香港工程科學院院士和香港特別行政區政府創新、科技及再工業化委員會委員。陳校長於2012至2013年擔任邵逸夫數學科學獎遴選委員會委員，2015至2017年擔任香港特別行政區政府創新及科技諮詢委員會委員。他是巴西里約熱內盧國際數學家大會2018 (ICM 2018) 奈望林納獎 (Nevanlinna Prize) 評審委員會主席。他於2015年獲英國思克莱德大學頒授榮譽博士學位。

陳校長的研究範疇包括數學造影處理及計算機視像、大規模整合物理設計，以及運算大腦製圖。他出版了超過200份被推薦的學術論文，曾是世界上最常被引述的其中一位數學家。他曾指導過35位博士生及25位博士後研究員。

2017年9月